Attualmente inagibile, il rifugio è nato nel 1900 come capanna di caccia del re di Sassonia . Durante la Prima Guerra Mondiale venne trasformato in una sede di comando austriaca di seconda linea; dopo la guerra, passò sotto il controllo dell'Azienda Demaniale Statale e nel 1926 fu affittato dalla Società Alpina delle Giulie che provvide ad un restauro radicale, rimettendolo in condizione di funzionare e ribattezzandolo col nome del socio volontario di guerra e medaglia d'oro Guido Brunner, caduto sul monte Fior l'8 giugno 1916. Il 20 ottobre 1935 ci fu l'inaugurazione ed il Rifugio servì egregiamente al suo scopo per molto tempo. Esso subì il dramma della Seconda Guerra Mondiale con diversi atti di vandalismo che lo ridussero a mal partito ma, essendo rimasta la valle di Rio Bianco in territorio italiano, l'Alpina delle Giulie-Sezione di Trieste del C.A.I. eseguì una serie di riparazioni e nel 1947 il Rifugio riprese a funzionare. Gli anni passarono e nuovi cedimenti si manifestarono nella sua struttura. Finalmente, con l'aiuto dell'Ente Regione e con tanta buona volontà, l'11 ottobre del 1970 ci fu l'inaugurazione del nuovo Rifugio Brunner, completamente restaurato.